[Sleep] 지원되는 파일 및 형식

지원되는 파일 및 형식

 

기본적으로 전기 생리학 및 최면 데이터 모두에 대해 여러 파일 형식을 지원한다.

 

데이터 파일

 

기본적으로 지원되는 파일 형식 목록은 다음과 같다.

 

.vhdr (BrainVision 버전 1 및 2) .edf (유럽 데이터 형식) .trc (Micromed 버전 4) .eeg (ELAN)

 

MNE-python이 설치된 경우 이 목록은 다음으로 확장된다 (참조).

 

.bdf .gdf .egi .mff .set (EEGLAB) .cnt .vhdr (BrainVision 파일은 Sleep의 기본 라이브러리를 사용하거나 MNE를 사용하여 로드할 수 있음)

 

MNE-python이 설치되면 이러한 파일 형식의 로드는 사용자에게 투명하다. 이는 추가 단계 없이 Sleep 그래픽 사용자 인터페이스 또는 명령줄을 사용하여 이러한 파일 형식을 직접 로드할 수 있음을 의미한다. 따라서, MNE-python을 설치할 것을 강력히 권장한다.

 

현재 지원되지 않는 파일 형식이 있는 경우 Sleep원시 데이터 (NumPy 배열)를 직접 전달할 수도 있다. Matlab 파일을 로드한 다음 데이터를 Sleep에 직접 전달하는 방법이다.

 

edf 파일을 로드하는 데 문제가 있는 경우 MNE-python을 설치한 후 다음 명령을 사용하여 데이터를 로드하는 것이 좋다.

 

Sleep(data='mydata.edf', hypno='myhypno.csv', use_mne=True).show()

 

이렇게 하면 MNE를 사용하여 .edf 파일을 강제로 로드하게 되며, 일반적으로 .edf에서 구현된 기본 EDF 라이브러리보다 더 많은 경우와 예외를 처리할 수 있다.

 

※ 주의

 

기본적으로 데이터는 로드 시 자동으로 100Hz로 다운샘플링된다. 기록 샘플링 주파수가 2의 거듭제곱 (ex: 256, 512Hz)인 경우 다음 명령을 사용하여 기본 다운샘플링 값을 128Hz로 변경하는 것이 좋다.

 

Sleep(data='mydata.edf', hypno='myhypno.csv', downsample=128).show()

 

Hypnogram

 

Sleep의 주요 목표 중 하나는 실험실 간에 데이터 공유를 용이하게 하는 것이다. 여기에는 다양한 수면곡선 기록 형식을 수용할 수 있는 기능이 포함된다 (안타깝게도 수면곡선 데이터를 저장하는 방법에 대한 현재 표준이 없음). 다음은 수면곡선 파일에 대해 지원되는 확장자 목록이다.

 

.txt .csv .xlsx .edf (EDF+) .hyp (ELAN)

 

Save Hypnogram

 

기본 hypnogram 내보내기 형식은 초당 포인트 인코딩이 아닌 단계 지속 시간을 사용한다. 이 형식은 다운샘플링과 각 수면 단계에 할당된 값의 혼동으로 인해 발생할 수 있는 잠재적 오류를 방지한다 (두 랩 간에 크게 다를 수 있음, 예를 들어 N2 수면은 한 랩에서는 값 2로, 다른 랩에서는 -2로 인코딩될 수 있음). 그러나 레트로 호환성을 위해 사용자는 여전히 초당 포인트 형식으로 최면 그래프를 저장하고 로드할 수 있다. 단계 지속 시간과 초당 포인트 인코딩의 차이점을 보려면 아래 이미지를 참조하면 된다.

 

 

기본적으로 Sleep은 단계 기간 인코딩을 사용하여 최면 기록을 .txt로 저장한다.

 

 

 

피험자는 0초에서 500초 사이에 깨어 있었고, 500초에서 750초 사이에 N1 수면, 750초에서 2000초 사이에 N2 수면, 그 다음 N3 수면 등으로 떨어졌다. 대상은 REM 수면 상태에서 깨어났고, 잠시 후 녹음이 중단되니다. 기록의 총 지속 시간(초)은 최면의 마지막 값 (이 경우 30100초)에 해당한다.

 

최면 기록에 이러한 인코딩 형식을 사용하는 주요 이점은 각 수면 단계에 사용되는 값과 관련된 혼동을 피하고 정보 손실 없이 최면 파일 길이를 크게 줄이는 것이다. 소프트웨어에는 초당 포인트 인코딩과 단계 기간 인코딩 간에 변환하는 명령줄 기능이 포함되어 있다.

 

※ 팁

 

수면곡선에 관련 정보/설명을 추가하려면 텍스트 파일 내에서 바로 앞에 별표가 붙은 행을 추가하면 된다. Sleep은 수면곡선에서 별표 표시로 시작하는 줄을 읽지 않는다. 예를 들어, 득점원의 이름을 추가할 수 있다.

 

Elan .hyp 형식

 

초당 포인트 인코딩을 선호하는 경우 모든 텍스트 편집기를 사용하여 읽을 수 있는 .hyp 형식으로 데이터를 저장할 수 있다. Sleep은 Elan 최면도 판독기와 호환성을 위해 REM 슬립에 할당된 값이 5인 경우를 제외하고 4개의 헤더 행과 위에 제시된 값을 가진 단일 .hyp 파일을 생성한다.

 

※ 주의

 

수면곡선 기록이 다른 소프트웨어를 사용하여 생성되고 초당 포인트로 인코딩된 경우 수면이 각 수면 단계와 관련된 값을 아는 것이 중요하다 (ex: 2 = N2 수면, 4 = REM 수면). 그렇게 하려면 원본 최면 파일과 동일한 디렉토리에 HYPNOFILENAME_description.txt 라는 간단한 텍스트 파일을 만들어야 한다. 이 예제를 확인하면 된다. 이 텍스트 파일에는 다음 정보가 포함되어야 한다.

 

 

Parameters	Value	설명
Time	1	Hypnogram 파일에는 초당 하나의 값이 포함된다.
Wake	0	수면곡선에서 Wake에 할당된 값은 0이다.
N1	1	수면곡선에서 N1 수면에 할당된 값은 1이다.
N2	2	수면곡선에서 N2 수면에 할당된 값은 2입니다.
N3	3	수면곡선에서 N3 수면에 할당된 값은 3입니다.
REM	4	수면곡선에서 REM 수면에 할당된 값은 4입니다.
Artefact	-1	수면곡선에서 Artefact에 할당된 값은 -1입니다.

 

http://visbrain.org/sleep.html

1. Sleep — visbrain 0.4.6 documentation