[SleepECG] Datasets

Datasets

 

SleepECG는 다양한 데이터 세트에 대한 리더 기능을 제공한다. data_dir모든 필수 파일은 기본적으로 ~/.sleepecg/datasets에 지정된 위치에 다운로드된다. 지원되는 모든 PhysioNet 데이터세트는 누구나 액세스할 수 있지만 NSRR 데이터세트는 데이터 액세스 요청을 제출 해야한다.

 

Sleep readers

 

Reader		Dataset name	Annotated records	Raw data size	Access
read_mesa		Multi-Ethnic Study of Atherosclerosis	2056	385 GB	request
read_shhs		Sleep Heart Health Study	8444	356 GB	request
read_slpdb		MIT-BIH Polysomnographic Database	18	632 MB	open

 

ECG readers

 

 

NSRR data access

 

여기에서 계정 생성 데이터 액세스 요청을 생성하려면 데이터 세트 개요로 이동하여 오른쪽에서 원하는 데이터 세트에 대해 "데이터 액세스 요청"을 클릭하거나 데이터 세트 (ex: MESA) 를 탐색하는 동안 페이지 상단의 "데이터 액세스 요청"을 클릭하거나 위 표의 "요청" 링크를 따른다. 데이터 액세스 요청 양식을 작성하고 승인을 기다린다 (이메일). 요청이 승인되면 다음을 수행할 수 있다. 각 데이터 세트 페이지의 "파일" 탭에서 수동으로 파일 다운로드 (ex: MESA EDF) 및 NSRR 토큰을 사용하여 NSRR API를 통해 파일을 다운로드한다. 토큰은 항상 동일하게 유지되며 액세스 권한이 부여된 모든 데이터 세트에 대해 유효하다.

 

아래 코드는 SleepECG로 MESA 데이터 세트의 모든 레코드를 읽는 방법을 보여준다.

 

from sleepecg import read_mesa, set_nsrr_token

set_nsrr_token('<your-download-token-here>')
mesa = read_mesa()  # note that this is a generator

 

데이터 세트에서 레코드의 하위 집합을 선택할 수도 있다. 이 예에서는 00 (ex: 레코드 0001- 0099)로 시작하는 ID를 가진 모든 레코드를 다운로드하고 읽는다.

 

from sleepecg import read_mesa, set_nsrr_token

set_nsrr_token('<your-download-token-here>')
mesa = read_mesa(records_pattern='00*')  # note that this is a generator

 

NSRR 데이터를 다운로드하려는 경우 (ex: NSRR Ruby Gem) 아래 워크플로를 사용한다. 이 예에서는 로컬 폴더 *-00*./datasets와 mesa/polysomnography/edfs 일치하는 모든 파일을 다운로드한다 (하위 폴더는 데이터 세트의 디렉토리 구조를 유지하기 위해 생성됨).

 

from sleepecg import download_nsrr, set_nsrr_token

set_nsrr_token('<your-download-token-here>')
download_nsrr(
    db_slug='mesa',
    subfolder='polysomnography/edfs',
    pattern='*-00*',
    data_dir='./datasets',
)

 

https://sleepecg.readthedocs.io/en/stable/datasets.html

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